Gerentia S.A y Bilbao, Heinrich y Cía S.A no fueron las únicas firmas en las que Villegas y su partenaire Martín Heinrich compartieron directorio. También lo hicieron en Protel Servicios S.A, dedicada a servicios relacionados con la electrónica y las comunicaciones e inscripta ante la Inspección General de Justicia (IGJ) el 30 de octubre de 2001.
El 14 de marzo de 2013, el juez Dr. Hernán Diego Papa, a cargo del Juzgado Nacional de Primera Instancia en lo Comercial Nº 12, declaró la quiebra de la firma.
Paralelamente, los sucesivos miembros del directorio de la empresa entre ellos Villegas fueron investigados por los delitos penales de evasión simple y evasión agravada tributaria por un monto de más de 550 mil pesos.
Villalba, Heinrich, Gonzalo Omar Echeverría, Silvia Elena Cárpena, Emilia Angélica Satelier, Gerardo Mayorga, Carlos Alberto Aloi, Graciela Susana Fernández, Eduardo Podestá, Ana María Contini y Roberto Daniel Francia fueron imputados por evasión del Impuesto al Valor Agregado (IVA) por una cifra total de 568.421,69 pesos ($195.560,40 correspondiente al año 2004; $372.861,29, a 2005).
La Sala II de la Cámara Federal de Apelaciones de San Martín confirmó el sobreseimiento al considerar que las cuantías presuntamente evadidas 195 mil pesos un año y 372 mil, otro estaban por debajo del importe establecido como mínimo para la configuración de los hechos ilícitos punible ($400 mil anuales).
Finalmente, la Sala I de la Cámara Federal de Casación Penal, con el voto conjunto de los jueces Luis María Cabral y Ana María Figueroa y el voto en soledad de Juan Carlos Gemignani, desestimó los recursos de queja presentados por el Fiscal General para que se revierta el fallo. Así, el monto evadido menor a lo que según la legislación configura delito fue lo que salvó al actual Ministro de un problema mayor.
Por último, el 25 de noviembre de 2015, el juez comercial que dispuso la quiebra de Protel, Hernán Diego Papa, dictaminó la clausura de la sociedad por falta de activos. Implicando presunción de fraude, remitió las actuaciones a la justicia penal, requiriéndole que si en el marco de la causa es detectada o denunciada la existencia de bienes de propiedad de la sociedad, se las remita inmediatamente.
Por sorteo, el expediente recayó en el Juzgado Nacional de Primera Instancia en lo Criminal de Instrucción Nº 25, a cargo de la jueza Fabiana Palmaghini, la misma que antes de ser removida, investigó la muerte del fiscal Nisman.
