Pocas horas después del ataque, el Vaticano publicó el telegrama de pésame enviado en nombre de Francisco al arzobispo de Ruán (Francia), Dominique Lebrun, quien tuvo que abandonar Cracovia, donde se encontraba para la Jornada Mundial de la Juventud, para volver a su diócesis en Normandía tras el asesinato del sacerdote.
En el mensaje, Francisco «se une al sufrimiento de las familias, el dolor de la parroquia y la diócesis de Ruán». El pontífice sostuvo estar «particularmente afectado por este acto de violencia durante una misa» e «implora la paz de Dios para todo el mundo» y pide «al Señor inspirar a todos los pensamientos de reconciliación y hermandad tras este nuevo suceso», en el que murió el sacerdote Jacques Hamel, de 84 años.
De acuerdo a las primeras investigaciones, los dos autores de la toma de rehenes en una iglesia de Saint Etienne du Rouvray eran «soldados» del grupo yihadista. Se trataría así del primer acto de terrorismo de matriz islámica contra un objetivo católico en Europa.