El juicio se desarrolló en el Tribunal Oral Federal de la provincia, integrado por los jueces Gabriel Casas, Carlos Jiménez Montilla y Juan Carlos Reynaga.
La megacausa del Operativo Independencia abarcó crímenes cometidos entre el 5 de febrero de 1975 y el 24 de marzo de 1976, concluye con 17 imputados acusados por delitos contra 266 víctimas.
Familiares de desaparecidos y agrupaciones políticas y sociales, lanzaron la campaña «Yo voy a la sentencia» con el objetivo de sacar los juicios de lesa humanidad a la calle y contarles a los ciudadanos qué pasó durante el Operativo y cuáles son los delitos que se juzgan. A lo largo de los 16 meses del debate oral pasaron por las audiencias 409 testigos y más de 20 nuevos testimonios fueron incorporados al expediente. El Ministerio Público Fiscal pidió en su alegato final prisión perpetua para 10 de los 17 imputados, y penas de tres y 20 años de prisión a los restantes.
