Llegó a su cargo en 1994, de la mano del secretario Legal y Técnico de Carlos Menem. Fue el primer juez en procesar a CFK y tuvo en sus manos casi todas las causas en las que fue investigada. Construyó un perfil de duro e independiente de la política partidaria. A pesar de las denuncias en el Consejo de la Magistratura, sólo recibió una multa.
Siempre tiempista, Bonadio fue quién, cuando el menemismo se alejaba, comenzó y encabezó las investigaciones en contra de varios funcionarios. A algunos los protegió también y nunca llegaron a juicio. Las críticas que le hacía la Cámara Federal a su modo de investigar, a sus formas para llegar “a la verdad jurídica” no parecían herirlo. Fue, junto con Norberto Oyarbide, uno de los más cuestionados técnica y políticamente. Se llenó de procesos en el Consejo de la Magistratura antes y después del kirchnerismo. Ahora, con su muerte, todas quedarán desestimadas. En 2014, le habían fijado una multa del 30% de su salario por su mala actuación en los expedientes de la privatización de Tandanor y créditos a la ex curtiembre Yoma. La Corte le revirtió la sanción un año después.
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Si la causa Cuadernos marcó sus últimos años de carrera judicial, antes supo sobrellevar las denuncias y las críticas de sus compañeros de piso de Retiro a los errores y horrores de sus investigaciones. Fue uno de los jueces que declaró la inconstitucionalidad de las leyes de punto final y obediencia debida y también quién encarceló (de manera domiciliaria) a Héctor Timerman y no permitió que fuera tratado por el cáncer que padecía. El ex canciller falleció el 30 de diciembre de 2018: meses antes, había pedido encarecidamente ir a declarar en la causa por el Memorándum.
Bonadio siempre fue un jugador de tenis, alguien que manejaba sus propios tiempos e intereses. Un magistrado que no dependía de la política partidaria, por más de que haya sido beneficiado o protegido por distintos gobiernos. El enfrentamiento con Cristina Fernández de Kirchner lo llevó a ser el primero en llamarla a indagatoria y también en pedir su desafuero para encarcelarla. Por sorteo o por otros mecanismos, tuvo en sus manos casi todas las causas que la involucraron. Participó en Los Sauces (aunque esa terminó en otro juzgado); y la procesó en Dólar Futuro, Hotesur, Cuadernos y Memorándum con Irán. No siempre fue así: durante la primera etapa del kirchnerismo, sus vínculos eran más que estrechos. Una convivencia pacífica que derivó, pasado 2010, en una pequeña guerra. Si había un expediente con un funcionario kirchnerista, Bonadio estaba cerca como para procesarlo, en uno de los pocos momentos en los cuales coincidió casi totalmente con el humor que tenían el resto de los federales.
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Públicamente, siempre aseguró que la causa más compleja que enfrentó fue por la Tragedia de Once. La causa consagratoria, si así puede decirse, fue la de Cuadernos. Más de cien imputados, múltiples ramificaciones, un recorrido que incluía bolsos llenos de plata circulando por distintas empresas y organismos del Estado. Era oro puro en términos mediáticos y políticos; la bala de plata contra su adversaria puesto en los términos de alguien que conocía de armas (y las portaba).
Cristina Fernández de Kirchner fue procesada en múltiples aristas de la Causa Cuadernos. Todas están ahora en la etapa de juicio, con un Comodoro Py que empezó a encontrarle los errores y los defectos a los testimonios de los arrepentidos. El 30 de diciembre de 2019, Bonadio elevó a debate la parte más “concurrida” de la causa, la que tenía mayor cantidad de involucrados. Mientras hacía eso, otra parte de los federales criticaba a los arrepentidos y las irregularidades que hubo en torno a sus testimonios: sin registros, sin peritajes, sin evidencias claras que involucren. ¿Resistirá Cuadernos un juicio oral? ¿Aguantará la causa por el Memorándum un debate donde se exhiban realmente las (no) pruebas que tiene la denuncia que hizo en su momento Alberto Nisman? ¿Se sostendrá en un juicio Dólar Futuro, la causa que nadie quería en Py porque no la veían con elementos?
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