Encabezó la Junta Militar desde 1982 hasta 1983 e intentó garantizar la impunidad para los militares que cometieron delitos de lesa humanidad. Fue condenado por delitos en Campo de Mayo y por el plan sistemático de robo de bebes, entre otros.
La crisis que generó en la dictadura la Guerra de Malvinas provocó la caída de Leopoldo Galtieri y el ascenso como presidente de facto de Bignone, quien se había retirado del Ejército con la salida de Jorge Rafael Videla.
Asumió el cargo en julio de 1982 hasta los últimos años del régimen. En ese tiempo, llevó adelante la transición hacia la democracia e intentó garantizar la impunidad de los militares que hubieran cometido delitos durante la dictadura a través de una ley conocida como de autoamnistía y con la orden de destruir toda documentación sobre los secuestros, torturas y desapariciones. También emitió el Documento Final sobre la Lucha contra la Subversión y el Terrorismo que señaló que quienes figuran en nóminas de desaparecidos y que no se encuentran exiliados o en la clandestinidad, a los efectos jurídicos y administrativos se consideran muertos.
En diciembre de 1983, Bingone le entregó el mando presidencial a Ricardo Alfonsín, cuya primera medida fue derogar la ley de autoamnistía.
Beneficiado con los indultos menemistas y la ley de punto final, Bignone disfrutó de la impunidad. Sin embargo, una causa sí pudo continuar: la impulsada por Abuelas por el Plan Sistemático de Robo de Bebés, por la que finalmente sería condenado en 2012 a 15 años de prisión como partícipe de la apropiación de unos 30 niños, en su mayoría nacidos en cautiverio.
Además, Bignone debió responder por su rol en Campo de Mayo, donde llegó a ser jefe del Estado Mayor del Comando de Institutos Militares en Campo de Mayo, y por la intervención del Hospital Posadas.
En 2011 fue condenado a 15 años por los delitos cometidos en El Chalet, el centro clandestino que funcionó en el Posadas, donde encabezó la intervención militar.
Por Campo de Mayo recibió su primera condena en 2010, cuando le dieron 25 años de prisión como coautor de secuestros, tormentos y robo.
Después recibiría perpetua en dos juicios por su rol en la guarnición militar: en 2011 por el secuestro y asesinato del ex diputado nacional justicialista Diego Muñiz Barreto y del militante peronista Gastón Gonçalvez. En 2013, recibió la misma pena por los delitos cometidos contra 23 personas en El Campito, el principal centro clandestino de Campo de Mayo.
En 2016, resultó condenado a 20 años de prisión en el juicio por los delitos cometidos en el Plan Cóndor.
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